Попадали в крепость через несколько ворот. Главными в древности считались восточные — это вход со стрельчатой аркой, над которой находится двухэтажное здание ханской канцелярии, надстроенное позже. В западной части были тайные ворота, через которые в Нарын-Калу передавали пропитание и боеприпасы во время осады. Через северные ворота защитники цитадели выходили сражаться с врагами. На этом входе сохранилось больше всего следов от пуль и снарядов. Лучше всего сохранились южные ворота — та часть меньше всего подвергалась разрушению от частых боёв за цитадель.